Nachdem Hochwasser im Jahre 2005 wurde die Strecke an vielen Stellen zerstört.
Die ÖBB bauten nur noch die Strecke zwischen Zell am See und Mittersill wieder auf.
In diesem Bereich waren die Schäden erheblich geringer als im oberen Abschnitt.
Lange war unklar, ob der Abschnitt zwischen Mittersill und Krimml wieder aufgebaut wird.
Da die ÖBB einen Wiederaufbau der Strecke von Mittersill nach Krimml ausschlossen und letztlich nicht mehr an
der Pinzgaubahn interessiert war suchte das Land einer Lösung für den ÖPNV in Oberpinzgau.
Nach langen Verhandlungen zwischen dem Land Salzburg, der Salzburger Loklabahn (SLB) und der ÖBB übernahm das Land Salzburg die Infrastruktur
und die Fahrzeuge am 1. Juli 2008 von den ÖBB.
Die SLB wurde vom Land Salzburg mit dem Betrieb auf der Strecke beauftragt und führte mit Personal der ÖBB den Betrieb durch.
Somit waren endgültig die Weichen für den Wiederaufbau
des Abschnittes Mittersill - Krimml gestellt. Aufgrund der Verbreiterung der Salzach wurde 2005 an vielen Stellen
der alte Bahndamm, der zugleich auch Hochwasserschutz ist,
abgerissen und neu angelegt. Da die Strecke beim Wiederaufbau auf begradigt werden sollte muss die komplette Strecke
neuaufgebaut werden. Durch all diese Maßnahme konnten große Teile der Strecke für 80km/h zugelassen werden.
Mitte 2009 wurden mit den Unterbauarbeiten begonnen. Bis zum Wintereinbruch
waren die Arbeiten bis kurz vor Neunkirchen am Großvendiger abgeschlossen.
Ende August 2009 begann die SLB mit der Gleisverlegung und zum Fahrplanwechsel am 13. Dezember 2009 konnte der erste Abschnitt bis Bramberg
in Betrieb gehen.
Aktuell sind die Unterbauareiten abgeschlossen und die Gleise liegen bis Kreilsiedlung (Gemeinde Wald im Pinzgau) verlegt.
Veränderungen an der Strecke
- Die Haltestelle Hollersbach wurde in Richtung Krimml verlegt.
Grund dafür war die Verlegung der Straße von Hollersbach zur Bundesstraße.
Die Haltestelle liegt auf der Höhe des ehemaligen Bahnhofs von Hollersbach (später als Hollersbach Ladestelle bezeichnet).
- Haltestelle Hollersbach Panoramabahn wurde komplett neu errichtet.
- Haltestelle Dorf Paßthurn wurde zu einem Kreuzungspunkt ausgebaut.
- Bahnhof von Mühlbach im Pinzgau hat nur noch ein Druchgangsgleis.
- Bramberg ist ein zweigleisiger Bahnhof mit Mittelbahnsteig. Der Einbau eines Ladegleises ist noch möglich.
- Der Bahnhof von Neunkrichen am Großvenediger wird zweigleisig und bekommt ein Haltestellenhäuschen. Östlich des
Bahnhofs wird ein Ladegleis errichtet
- In Krimml wurde das Ladegleis vor dem Aufnahmegebüude zurück gebaut und darauf ein neuer Bahnsteig errichtet.
Auf Grund einer Entscheidung des Landes Salzburg wird die Strecke in Neunkirchen am Großvenediger verlegt.
Die Strecke läuft nicht mehr zum der ehemaligen Bahnhof von Neunkirchen, sondern entlang der
Salzach am Ort vorbei. Es entsteht dort ein komplett neuer Bahnhof.
Im dem Bereich des neuen Bahnhofs soll ein neues Gewerbegebiet entstehen.
Das Gewerbegebiet soll von Anfang an mit einem Gleisanschluss versehen werden.